Perpustakaan IAIN Kudus berusaha untuk terus mengembangkan inovasi khususnya dalam hal layanan. Salah satu layanan yang dikembangkan adalah silang layan. Silang layan dilakukan sebagai upaya untuk memudahkan dan memfasilitasi para pemustaka dalam hal pemanfaatan layanan di masing-masing perpustakaan yang menjalin kerjasama.
Kerjasama silang layan Perpustakaan IAIN Kudus dilakukan dengan Perpustakaan Universitas Muria Kudus (UMK) pada tanggal 10 Januari 2022. Hal ini diwujudkan dengan penandatanganan perjanjian kerjasama antara Ibu Anisa Listiana, M.Ag (Kepala Perpustakaan IAIN Kudus) dengan  Ibu Noor Athiyah, M.Hum (Kepala Perpustakaan Universitas Muria Kudus). Melalui silang layan ini, civitas akademika IAIN Kudus dapat memanfaatkan layanan yang ada di Perpustakaan Universitas Muria Kudus begitu pun sebaliknya. Adapun layanan yang bisa dimanfaatkan oleh civitas akademika UMK di perpustakaan IAIN Kudus, diantaranya :
1. Layanan Sirkulasi
2. Layanan Sapa Pustakawan
3. Layanan Carrel Room
4. Layanan Skripsi/Tesis
5. Layanan Tandon
6. Layanan Corner
7. Layanan Referensi
8. Layanan Repository
Sedangkan layanan yang bisa dimanfaatkan oleh civitas akademika IAIN Kudus di perpustakaan UMK diantaranya :
1. Layanan Sirkulasi
2. Layanan Referensi
3. Layanan Skripsi
4. Layanan Multimedia
5. Kelas literasi informasi
6. UMK Studio
7. Layanan print dan scan
Civitas akademika yang ingin memanfaatkan layanan yang ada di masing-masing perpustakaan, terlebih dahulu harus menjadi anggota perpustakaan istimewa. Adapun syarat dan ketentuan untuk menjadi anggota istimewa dapat dilihat pada media sosial instagram resmi masing-masing perpustakaan @perpus_iainkudus dan @perpusumk. Sedangkan untuk masa aktif keanggotaan sampai bulan Juni atau Desember (masa aktif per semester).