Perpustakaan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Kudus melakukan akreditasi pertama kali pada tahun 2017, yang mana pada saat itu masih bernama Perpustakaan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kudus. Hasil akreditasi pertama Perpustakaan STAIN Kudus mendapatkan nilai B dengan nomor sertifikat 00025/LAP.PT/V.2017.
Pada hari Selasa, 8 Desember 2020 Perpustakaan Nasional RI melakukan proses assesmen ulang (re-akreditasi) Perpustakaan IAIN Kudus. Asesmen ulang (re-akreditasi) ini perlu dilakukan untuk mengetahui kesesuaian aspek-aspek penyelenggaraan perpustakaan dengan standar perpustakaan perguruan tinggi. Selain itu, asesmen ulang (re-akreditasi) juga perlu dilakukan untuk mengetahui perkembangan dan pencapaian yang telah dicapai selama kurun waktu 3 tahun sebelumnya serta untuk mengetahui kekurangan yang perlu diperbaiki untuk kedepannya. Asesmen ulang (re-akreditasi) Perpustakaan IAIN Kudus dilakukan secara daring melalui aplikasi zoom mengingat adanya pandemi covid-19.
Asesmen ulang diawali dengan pembukaan yang dipandu oleh Nailis Sa’adatil Ulya, S.I.Pust. Kemudian dilanjutkan dengan menyanyikan Lagu Indonesia Raya dan Mars Perpustakaan. Acara yang ketiga sambutan yang disampaikan oleh Dr. H. Supa’at, M.Pd selaku Wakil Rektor I IAIN Kudus, dan Drs. Supriyanto, M.Si selaku Direktur Standardisasi dan Akreditasi Perpustakaan Nasional RI sekaligus perwakilan dari tim asesor. Acara dilanjutkan dengan presentasi profil Perpustakaan IAIN Kudus oleh Kepala Perpustakaan, Anisa Listiana, M.Ag, dan pemutaran video profil Perpustakaan IAIN Kudus. Acara pembukaan asesmen ditutup dengan doa oleh Muhamad Muchlisin, S.Ag.
Asesor yang bertugas pada asesmen ulang ini adalah Dra. Sri Sularsih dan Drs. Sudirwan Hamid, MH. Sebelum melakukan verifikasi terhadap dokumen, kedua asesor meminta untuk untuk melakukan peninjauan fisik ruangan, layanan dan sarana prasarana perpustakaan secara daring dengan konsep Library Tour. Library Tour Perpustakaan IAIN Kudus dipandu oleh staf teknis perpustakaan Muhamad Muchlisin, S.Ag dengan mengelilingi gedung perpustakaan, menjelaskan berbagai layanan dan fasilitas yang ada di dalamnya. Selanjutnya verifikasi dokumen dibagi dalam dua kelompok (breakout room) yaitu kelompok I dan kelompok II. Kelompok pertama terdiri dari komponen I, komponen II dan komponen III dengan asesor Drs. Sudirwan Hamid, MH. Sedangkan kelompok dua terdiri dari komponen IV, V, dan VI dengan asesor Dra. Sri Sularsih. Masing-masing koordinator komponen selanjutnya menyampaikan dokumen yang sudah dibuat dan kemudian akan diverifikasi oleh asesor secara berurutan.
Diakhir acara, tim asesor menyampaikan rekomendasi dan saran kepada pengelola Perpustakaan IAIN Kudus. Rekomendasi dan saran tersebut ditanggapi langsung oleh Rektor IAIN Kudus, Dr. H. Mundakir, M.Ag. Selain itu, tim asesor juga menyampaikan skor akhir dari penilaian sementara yang didasarkan pada hasil pengisian borang, verifikasi dokumen, dan peninjauan lapangan secara daring. Berdasarkan hasil tersebut, perpustakaan IAIN Kudus mendapatkan skor akhir sementara yang baik. Hasil sementara ini nantinya akan dibawa ke sidang Akreditasi LAP untuk menentukan hasil resmi pelaksanaan asesmen ulang Perpustakaan IAIN Kudus.