Pelayanan di bagian Administrasi Perpustakaan STAIN Kudus diwujudkan untuk memberikan fasilitas aktifasi mahasiswa pasca registrasi semester. Bagian lain dari kegiatan ini adalah melayani mahasiswa yang akan melakukan bebas pustaka untuk melaksanakan munaqosyah. Untuk selanjutnya, Bagian Administrasi ditujukan untuk memfasilitas mahasiswa melakukan penyerahan berkas skripsi dan buku-buku hibah.